ストーリーを進める事で、イルカが仲間（バディ）になる。
イルカは全部で11種類。
メインストーリー１章で「マイルカ」、
メインストーリー３章で「メガネイルカ」が自動的に仲間になる。
あとのものは、サブストーリーをクリアする必要がある。
　
■イルカについて
　
イルカと一緒に潜った際、注目するとイルカにつかまることができる。
主人公が普通に泳ぐと時速6km、イルカにつかまると時速12km。
目的地が遠い時、マップを埋める時、等にとても便利。
　
前作のイルカは速攻でいなくなり、大変役に立たなかったが、
今作のイルカはとても賢く、役立つ。
海笛を吹くと、速攻で目の前に飛んでくる。
ただ、ヴァルカ城の狭い通路などで、引っかかって来てくれない事もたまにある。
　
■他のイルカを仲間にする方法
　
ナインボール島の桟橋の先で、マイルカ、または、メガネイルカをトレーニングする。
ある程度トレーニングして６つの技を覚えると、「フリートレーニング」ができるようになる。
さらにトレーニングし、ハヤコ先生に話すと「次の成長レベルになるための検定を受けるか」と聞いてくる。
受かると、トレーナーの「ルカ」がやってくる。
　
ここから、サブストーリー「目指せ！トップトレーナー」が始まる。
「サブストーリー」、「特別な依頼」のページを参考に。　

ルカにイルカショーを見せる。
この後は、ハヤコ先生に話すことで「イルカショーのオファー」を受けることができるようになる。
イルカショーを３回以上行うと、再度ルカが登場するので、訓練の成果を見せる。
　
ハンドウイルカ、イッカク、ベルーガを仲間にするイベントが順に行われる。
この３頭を仲間にした後、
ピンクイルカ、カマイルカ、ハナゴンドウを仲間にするイベントが行われる、
その次のシャチは、クリア後でないと仲間にできない。
イロワケイルカは、クリア後に100P貯めてネフィリムの石窟に再度行かなければ仲間にならない。
　
全種揃えるのは、なかなか大変だけど、
最後までやり遂げるとルカから「サメ装備」をもらうことができる。　
　
■「イルカの訓練100回か、イルカショー20回を行うこと」について
　
「イルカの訓練」とは、桟橋でベルを鳴らした回数のこと。
鳴らす、何もしないで終了、鳴らす、何もしないで終了、の繰り返しでもＯＫ。
　
イルカショーは時間がとてもかかる。
しかも、上達するほどひとつの技が長くなるので、さらに時間がかかる。