メインストーリーのおおまかな流れです。
次にどこへ行けばいいかわからない時は、ナインボール島で「メモ帳」を見よう。

イルカにつかまると泳ぐスピードが倍になるので、最初からいきなりマップを埋めようとしなくても大丈夫！
　

第1章 「竜の歌」	ガタマ環礁	オセアンヌと潜り、基本操作を覚える。
	ディープホール	パルサーを使って危険生物「イタチザメ」を鎮める。 　 パルサーは魚の状態によって撃つ数が違ってくる。だいたい３〜５発。 ディープホール中央の一番底で「空のペンダント」を拾う。 このイベント後、ナインボール島を自由に歩けるようになる。
	ナインボール島	海笛をもらい、島の桟橋でマイルカの訓練を行う。
第2章 「幻想魔城」	ナインボール島	行き先に「エーゲ海　キケロス海峡」が追加されるので、 船をクリックして移動する。 　 「行き先が追加された」とは言ってくれないので自分でチェックしよう！
	キケロス海峡	「キケロス海峡」を泳いでいると、キケロスディーネという渦潮に道を阻まれる。 ここの海域の渦潮は、夕方、深夜になると収まるので、夜に出直す。 　 G.G.と出会う。 危険生物「タナトス」と遭遇する。 満月の井戸から「ヴァルカ城」へ移動。
	ヴァルカ城	城内にいる危険生物「ミノカサゴ」は、自分からは動かない。 エサを目の前に出すとよってくるので、それでおびき寄せる。 　 D2右の壁で世界地図を見る。 　 B1の宝物庫の閉まった扉はオセアンヌが開けてくれる。 玉座にて鍵を入手し、王の間へ。さらに「隠し部屋」へ。 奥で石版を入手し、帰還する。
第3章 「北へ南へ」	ナインボール島	石版の解読のため、日本の水族館へ移動する。
	水族館	ハヤコ先生と出会う。
	カナダ北岸沖	北極でホッキョクグマを観察する。（マップを見ると印がついている）
	ナインボール島	ハヤコ先生がメンバーに加わる。
	ウェッデル海	特殊氷山A-sm16pを調べる。 とてもわかりにくいが、C2左下の水深45mのあたりの 下部第三氷穴から「アイスコフィン」へと移動する。
	アイスコフィン	途中に氷でふさがれた通路があるので、その近くで海笛を使用する。 　 メガネイルカがいるのでパルサーで治療してあげる。 メガネイルカが仲間になる。
第4章 「二つめの石版」	ナインボール島	G.G.がメンバーになる。
	コルティカ川中流	危険生物の「ピラニア」「メガネカイマン」「デンキウナギ」をやり過ごし、北へ。 　 A3にある流木でふさがれて通れない場所は、ピンクイルカの協力が必要。 ピンクイルカはサブストーリー「目指せトップトレーナー」第7話で仲間になる。
	コルティカ川上流	滝の入り口で、二匹のカエルの謎を解く。 　ヒントはG.G.が教えてくれる。 　マルチセンサーを使い、銀（金属反応）、瑠璃（石の反応）を調べる。 　瑠璃→瑠璃→銀→瑠璃→銀の順にカエルの頭上のスイッチを押す。 　具体的に書くと、右→右→左→右→左。 　間違えて押すと失敗になるので、「スイッチをおさない」を選択し、やり直す。 　 一番奥の神室にて石版を入手する。
第5章 「深遠に眠る謎」	ザッハーブ海域	ザッハーブ海域に移動する。 　 中央の裂け目「南部クレパス」からザッハーブ海域・深部へ移動する。
	ザッハーブ・深部	C3のデポジット・タンク（息継ぎ用の大型タンク）を拠点に探索する。 　 C2あたりで狭い通路をダイオウイカが塞いでいる。 　すぐそばにいるマッコウクジラの近くで海笛を使用し、誘導する。 　マッコウクジラが移動しない場合は、少し場所をかえて再度海笛を使う。 　 D3のオシリス・コートにて潜水艇HD9を発見、防水袋を持ち帰る。 船でマティアス・ルヴィエからの手紙を読む。
第6章 「永遠に青き海」	ナインボール島	竜の笛を組み立てる。 ハヤコ先生がコテージに入る。 　 ここでG.G.がとても重要な事を言う。聞いておこう！ ハヤコ先生からクロスミックス（深海で使用する特殊混合エア）をもらう。
	ザッハーブ海域	ザッハーブ海域に移動する。 E2の亀裂に移動する。 F2の反響テラスに移動する。 海中発破用爆薬を設置し、船に戻る。 　 爆薬を設置した後、「ザッハーブ海域」は特別な状態になるので、クリアするまで 「ザッハーブ海域」と「ザッハーブ海域・深部」を自由に泳ぐことはできなくなる。 マップを埋めたりサルベージをしたいなら、先にやっておこう。
	ネフィリムの石窟	それぞれの部屋で「竜の笛」を使い、水の流れをかえて先に進む。 　 B2のホルスの祭殿でマルチセンサーを使い、地下玄室に入る。 　 A3右上の扉のスイッチはA3左上にある。（扉の真正面） 注意！！ この扉を開けるまでに、「ネフィリムの石窟」のマップはすべて埋まる。 後で絶対に困るから、必ず、マップはこの時点で埋めておこう。 エアーが少なければ一旦戻った方がいい。 天測廊にて危険生物「オケアノン・アーマーン」と「ミツクリザメ」と遭遇。 複数出現するので、なんとかパルサーでやり過ごす。 　 財宝を発見するが、10分で脱出しなければならなくなる。 　　一旦、来た道を引き返す。 　　水の流れが変わっており、戻れないことを確認。 　　まだ行っていないライトピラールームの方へ進む。 　　扉が閉まっているので、オセアンヌのそばの壁を調べる。 　　扉が開き、脱出。 　 遺跡の入り口は瓦礫に埋まり、伝説はまた閉ざされる。 　 主人公は竜の歌の謎を解き明かし、パシフィスの財宝を見つけた。 これにて、メインストーリー終了。

　
■その後・・・
　
ネフィリムの洞窟の入り口を再び開くためには、100万Pもの大金が必要となる。
主人公たちRARメンバーは、サルベージや、ガイド依頼、
海図の作成、水族館の経営等をこなしてお金を稼ぐことになる。
（主人公は大学を１年も休学している・・・）
　
そして、100万Pを貯めることで、入り口は再び開く。
その際、使われるのは50万Pのみ。
　
　
再度、ネフィリムの石窟を訪れ、財宝の元へ向かっても「メモ帳」は更新されない！
　

　
個人的にはこの流れは良かったと思う。
文字で説明しにくいのだけど、主人公たちの目標は「竜の笛の謎を解き、財宝を見つける」ことであり
伝説の遺跡に出入り自由になる事ではないと思う。
追い求めて、手に入れる寸前で、やっぱり届かなかった。
財宝は確かにそこにあったんだから、それでいい。