| アクション | 操作方法 | 内容 |
| 前進 | Ｂ押しっぱなし | ・ポインタを向けている方向に泳ぎだす ・Ｂを離すと止まる |
| オートスイム | −ボタン | ・Ｂを押さなくても自動的に進んでくれる ・何かのボタンを押すと止まる |
| きりもみ | （泳ぎ中に） ポインタを回転 |
・ポインタを画面内で素早く回転させるときりもむ スピードアップしているように見えなくもない ・きりもみ中にキャンセルもできる ・主観視点だと使えない |
| クイックターン | リモコンを左右に 素早く振る |
・その場で素早く後ろを振り向く ポインタで誘導するよりも速い ・ただし、出しにくい上にそれほど速くもない ・主観視点でも使うことができる |
| 水面を見渡す | （水面に浮上した後）Ａ | ・水面から顔を出し、周囲を見渡す 洞窟内など、できない場所もある ・ガッビアーノ号や海賊船を探す場合に使う |
| マップを見る | １ボタン | ・今いる海域のマップを表示させる さらに２を押すとマップが拡大する ・マップ表示中も方向転換はできるので便利 ・初めて訪れた場所でさえもマップが出る |
| 主観視点 | ２ボタン | ・自分視点のまま泳ぐことができる 好みで使って良さそう ・きりもみができなくなる |
| ズームモード | （ズームポイントで）＋ | ・海底や壁面に近付くとポインタが黄色になり、 そこでＡを押すとズームされる 小さな魚やアイテムを拾う際に使う ・ただの黄色と、キラキラ光るポイントがある |
| 時間を気にする | 何も押さない | ・ボタンを押さずに放っておくと 時間を気にする素振りを見せる（深度計かも） |
| 船にもどる | １時間経過 | ・潜水してから１時間経過すると酸素が切れ 「エアーが残りすくないため 船にもどります。」と 表示され、自動的に船に戻される ・拒否できない |
| アクション | 操作方法 | 内容 |
| 注目する | （ポイントを合わせて）Ａ | ・魚にポイントを合わせてＡを押すと注目状態になる 下部のバーを押すと、その魚の情報が見られる ・また、注目中はハンドアクションを行うことができる ・ほとんどの魚は触ると喜ぶため、最初にやると良い |
| １．なでる | Ａを押しながら振る | ・魚をなでてスキンシップを行う リモコンを振り続けている間、ずっとなでる ・注目中であれば、ポイントはどこに向いていてもできる |
| ２．つつく | Ａを押す | ・魚をつついてスキンシップを行う なでた場合と違うアクションを起こす魚もいる |
| ３．つかむ | Ａを押しながらＢ | ・クジラやパートナーなら、 つかまって一緒に泳ぐことができる |
| アクション | 操作方法 | 内容 |
| ツールの起動 | 十字キー | ・十字キーのどれかを押すとツールアクションが起動する 左右を押して選択し、Ａボタンで決定 ・ツールは、通常の状態でも注目中でも選択できる |
| エサ | Ａ | ・ポインタの場所にエサをまく 注目中だと、自動的に魚の口元にエサをまく ・一度に複数の種類の魚が喜んで寄ってくる 写真撮影の際に、魚を集めるためにまくと便利 ・主人公は潜水する度に、10回分のエサを持っている 船に戻ることで補充される ・パートナーのトレーニングの際にもあげることができる |
| 水中ペン | Ａ | ・黄、赤、青、緑、白のペンを使って文字を書くことができる 描き終わったら「ＯＫ」ボタンを押して決定する 非常に使いにくいが、消しゴムもある ・一度にかける量が決まっているが、 水中ペンを再度選択すればまた使える ・一定量書くと古いものから消えていく ・水中ペンが好きな深海魚が多い |
| カメラ | Ａ | ・写真の撮影を行う ・＋と−で、ズームできる その場で撮ることもできるし、魚を注目中でも撮れる ・撮れる写真は20枚までで、現像するか削除しないと次が撮れない |
| 海笛 | Ａ | ・イルカやクジラとのスキンシップに効果がある笛 ・パートナーがいれば、呼ぶこともできる |
| オプション | - | ・操作タイプの変更、コンパスの表示、ツールアイコンの表示、 MP3の再生、ポインタの明るさ、音量の設定、を行える ・操作タイプはノーマルとエキスパートの２種類 「ノーマル」は主人公は常にまっすぐ 「エキスパート」は逆さまになって泳ぐことが出来る |
| 船にもどる | - | ・潜水を終了して船に戻る 洞窟内でも深海でも、一瞬でガッビアーノ号のデッキに戻る |
| アクション | 使用可能な時期 | 内容 |
| キャビンに入る | 最初から | ・キャビン入り口をクリック ・主人公がキャビンに入り、画面が切り替わる |
| 海を眺める | 最初から | ・船の後方にあるデッキチェアをクリック ・チェアに座って海を眺めることができる 視点の移動はできないので、少し不便 |
| ポータブルオーディオ | 最初から | ・船の後方にあるオーディオをクリック ・ゲーム中に流れる音楽を変更する事ができる 音楽データ（MP3）が入ったＳＤカードが必要 |
| キャサリンと話す | 最初から | ・キャビン入り口近くにいるキャサリンをクリック ・一言目、その日のあいさつを言う 二言目、ヒントをくれる |
| 掲示板を見る | 最初から | ・キャビンの壁にある掲示板をクリック ・キャサリンが書いてくれたメモを見ることができる 最初から30枚あり、操作のヒント、コツが書かれている ・ゲーム内での日付を確認できる |
| 海にもぐる | 最初から | ・ツールを開いて「海にもぐる」を選択する ・夜にもぐる場合は「水中ライト」を入手してから |
| スキンシップ | ２回目の ダイビング以降 |
・船上にいる生きものをクリック ・海鳥、ペンギン、アザラシ、ラッコなどがやってくる 写真を撮ることができるが、エサはやれない |
| Wi-Fiゲートの操作 | ２回目の ダイビング以降 |
・船の前方にあるゲートをクリック ・Wi-Fiコネクションが接続できる環境であれば フレンドと一緒にダイビングができる |
| パートナーを呼ぶ | ハンドウイルカを パートナーにした後 |
・船の後方のタラップ（階段）をクリック ・パートナーがいれば呼び出してトレーニングができる 詳しくは「パートナーの解説」のページを ・ここでパートナーにエサをやることもできる |
| コレクションを見る | 「イルカのメダル」を 入手した後 |
・キャビン入り口近くの大きな箱をクリック ・今までに海底で拾った宝物を見ることができる 詳しくは「コレクションの解説」のページを |
| アクション | 使用可能な時期 | 内容 |
| セーブする | 最初から | ・日誌をクリック ・セーブすることができる 上書きのみ |
| 時間を進める | 最初から | ・時計をクリック ・朝（6：00〜17：59）、又は 夜（18：00〜5：59）まで、時間をとばす ・時計を見ればわかるが、通常の時間の進みがとても早い |
| メールを読む | 最初から | ・携帯端末をクリック ・メールを読むことができる メールは40件を超えると古いものから自動的に捨てられる ・ガイド、写真撮影の依頼は７日経つと返信できなくなる |
| 船の移動 | ２回目の ダイビング以降 |
・かじ（操舵輪（そうだりん））をクリック ・マナウライの海図が表示され、船を移動させることができる 移動中のムービーはスキップできる |
| 図鑑を見る | ２回目の ダイビング以降 |
・海洋生物図鑑をクリック ・今までに出会った生きもの達の情報を見ることができる ３段階までの親密度も表示されている |
| 着替える | 装備品を もらった後 |
・ゴーグルをクリック ・髪型、ウエットスーツなどを自由に変更することができる 新しい装備品はどうやってかメールの添付ファイルで届く |
| 写真を現像する | カメラを もらった後 |
・カメラをクリック ・撮った写真を現像、又は削除することができる フィルムは20枚までしか取っておけないため いらない写真はどんどん削除しよう ・ゲームをやめると現像しなかった写真は削除される また、アルバムに貼らなかった写真も削除される |
| アルバムを見る | カメラを もらった後 |
・アルバムをクリック ・現像した写真を載せることができる 写真は40枚までしか取っておけない いらない写真はどんどん削除しよう |